Para la mayoría de los indígenas
de México y América Latina, el siglo XIX fue particularmente difícil, ya que debido a
las luchas que se libraron por la independencia, las relaciones entre terratenientes e
indígenas que se habían creado a raíz de siglos de vida colonial tuvieron grandes
cambios. 
En la península de Yucatán, el proceso de
colonización tuvo enormes consecuencias. Pueden mencionarse la expansión territorial a
costa de los indios; el relajamiento del dominio del clero, el enfrentamiento entre los
grupos oligárquicos, con la consiguiente utilización de los indios como carne de
cañón, lo que implicó su entrenamiento militar; la ruptura de los límites a la
explotación impuestos durante el periodo colonial.
La expansión territorial fue quizá el factor que
mayor inconformidad provocó entre los indios. La aplicación de la política agraria
nacional desencadenó una acción de rapiña sobre las propiedades de los indios, dando
lugar a una denodada lucha por la tierra entre terratenientes e indios.
La libertad de que gozaban los indígenas que no vivían en
la ciudad constituyó otra preocupación para los grupos dominantes, que continuamente
criticaban esta tendencia y solicitaban se les civilizara y se evitaran sus
costumbres bárbaras y salvajes. Por otra parte, las Reformas Borbónicas
suscitaron que los indios dejaran de pagar tributos, y con ello se distanciaran del
dominio de la Iglesia.
Este propósito de reconquista de acuerdo a las
directrices de la oligarquía mestizo-criolla, desembocó en la Guerra de Castas de
Yucatán (1847).
La resistencia indígena frenó -al
menos por algunos años- los intentos, que databan a principios de siglo, encaminados a
liquidar su autonomía. Sin embargo, la actitud de los mayas en esta guerra, no fue
uniforme entre sus diversos estratos: buena parte de aquellos que pertenecían- a las
haciendas, se hallaban sometidos a condiciones de peonaje, endeudados y en una relación
de paternalismo con el hacendado. Tendencialmente se identificaron con los blancos, e
incluso fueron utilizados por éstos como fuerza armada en su favor.
En el caso de los indios libres o habitantes de
zonas menos colonizadas, se identificaron más con los patrones de rebelión e
inconformidad, en la medida que mantenían las condiciones materiales necesarias para
reproducir su conciencia indígena y recrear su identidad. 
El proceso de sometimiento de los mayas rebeldes de oriente
marchó paralelo a la reorganización de los de la región occidental, en función de lo
que fuera un gran auge económico para las clases dominantes. Hacia finales del siglo XIX,
la élite había logrado sus objetivos en relación con los mayas: supeditarlos a sus
intereses y darles un papel subordinado, económica y culturalmente, en la estructura de
clases.
Para los mayas del siglo XIX constituyó un periodo de lucha intensa por la
defensa de sus tierras y su identidad. En ello pusieron en juego todos los elementos con
que contaban oponiendo al invasor la riqueza de su cultura. Podría decirse que era una
batalla de antemano perdida entre los hombres del maíz y los descendientes y aliados de
los conquistadores, que trataron de realizar lo que podríamos llamar la segunda
conquista: la de los liberales. Sólo la riqueza de su identidad y la profundidad de sus
mitos, permitieron que los mayas resistieran a la gran ola civilizadora.