La promulgación de la independencia
política de la Nueva España no transformó la esencia de las relaciones entre los
indígenas y el resto de la sociedad. Pese a la igualdad jurídica, se mantuvieron las
relaciones de explotación que pesaron sobre los indígenas en la época colonial. Uno de
los factores que propició tal situación fue la expansión de la economía
capitalista del siglo XIX que, acompañada de la ideología del liberalismo, permitió la
conservación de las estructuras feudales.
En la época colonial las Leyes de Indias y la presencia de
numerosos franciscanos había impedido a los descendientes de españoles apoderarse de las
tierras de las "repúblicas de indios". La independencia eliminó este freno.
Además, en 1812, a raíz de la invasión francesa a España y el consecuente decreto de
la Constitución de Cádiz, surgió en Yucatán el grupo liberal de los Sanjuanistas,
entre los cuales figuraban el cura Vicente Ma. Velazquez, Pablo Moreno y Lorenzo de
Zavala, quién permaneció en San Juan de Ulúa hasta 1827, después de lo cual participó
intensamente en la vida republicana.
Después de la independencia, este grupo se adhirió a los que defendían el cumplimiento
de la Constitución de 1824, que declaraba el federalismo como forma de organización
entre los diferentes estados de la república. En 1834, al establecerse el centralismo,
Yucatán se separó de la República, lo cual favoreció que los hacendados efectuaran la
ocupación de las tierras propiedad de los
indígenas y
ya no tuviesen que acatar las leyes mexicanas antiesclavistas. Las nuevas estructuras
agrarias trastornaron el modo de vida comunitario, particularmente al sur y este de la
península. En 1847 los mayas de dichas zonas se rehusaron a aceptar las nuevas formas de
dependencia. Luego surgió la insurrección en los pueblos de Peto y Tepich y se extendió
como reguero de pólvora hasta las orillas de las ciudades de Mérida y Campeche. A este
movimiento se le conoce como la Guerra de Castas y fue lidereado por Cecilio Chí y
Jacinto Pat.
Las principales demandas de los rebeldes fueron el derecho
de utilizar la tierras del dominio público y las de sus comunidades y la reducción de
las contribuciones al Estado y de los derechos sacramentales; además condenaban a la
servidumbre por deudas.
En 1846, los republicanos lograron el dominio, con el triunfo de
las fuerzas del General Cepeda Peraza; y Yucatán volvió a formar parte de la República.
Las disputa frecuentes entre los líderes mayas impidieron un acuerdo de paz con el
gobernador. El ejército federal y numerosos mayas de Mérida enfrentaron en 1848 a los
rebeldes, obligándolos a internarse en la selva del este. No lograron, sin embargo,
impedirles que continuasen libres e independientes hasta principios del siglo XX, en un
territorio que abarcaba la mitad de la península, a pesar de las tentativas de
dominarlos. Por otro lado, bajo el pretexto de la pacificación, se inició un verdadero
tráfico de esclavos hacia Cuba, el cual terminó durante la presidencia de Benito
Juárez, quien lo prohibió.
En cuanto a la extensión territorial, durante la segunda
mitad del siglo XIX, se reduce notablemente la superficie del estado, pues en 1862 se
separa Campeche, para forma un estado federado. En 1882 Guatemala obtiene la parte sureste
y en 1839 se firman con Inglaterra los tratados del Mariscal Spencer con lo que Belice
pasa a ser territorio inglés.
En 1901 se ocupa militarmente el último reducto de los mayas
rebeldes, creándose en la zona recién pacificada un Territorio Federal, en lo que es
ahora el Estado de Quintana Roo.. Nuevamente, en 1931 hay cambios en la superficie
territorial de la entidad, pues el presidente Ortiz Rubio reparte Quintana Roo entre
Campeche y Yucatán. En 1935 se conforma nuevamente el territorio, quedando Yucatán con
lo límites actuales.
Con respecto al desarrollo social y político
durante el régimen del General Porfirio Diaz se consolida la paz social de Yucatán y hay
un fuerte desarrollo económico. Desde fines del siglo XIX se presenta un auge en el
henequén, por la necesidad de esta fibra en la mecanización de la cosecha de trigo, en
Estados Unidos y Europa, apoyado esto por una legislación que facilitaba el conocimiento
de la hacienda henequenera.
Ocurre la revolución en 1910. El primer jefe de la revolución
constitucionalista en Yucatán fue el general Salvador Alvarado, que en marzo de 1915 al
frente de sus tropas entró triunfante en Mérida y promulgó el decreto liberador del
campesino yucateco; apoyó la organización sindical de la clase trabajadora y expidió un
código del trabajo.
Otro importante gobernador, Felipe Carrillo Puerto,
encauzó su programa político mediante el Partido Socialista del Sureste. Puso en marcha
reformas que rebasaban el marco de la estructura federal del país. Impulsó la educación
y la cultura popular, se intensificó el reparto agrario, la construcción de carreteras y
la campaña de alfabetización; asimismo realizó la traducción al idioma maya de la
Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos. 
Por otro lado, las condiciones del mercado internacional del henequén provocaron una
cadena de problemas económicos, políticos y sociales, causando una notoria decadencia a
pesar de la intervención de los presidente Cárdena y Ávila Camacho.
A partir de la independencia, el desarrollo artístico en la
península ha sido muy importante, así, en música se han absorbido diferentes
influencias afroantillana, con el danzón , la rumba y la conga.
En 1905 José Jacinto Cuevas y su esposa fundan el primer
instituto musical y la primera orquesta sinfónica de Yucatán, encumbrando a la fama a
músicos como Emilio A. Padrón López y Cirilo Baqueiro. En las letras han destacado el
poeta y cuentista Ermilo Abreu y los dramaturgos José Peón Contreras y Antonio Mediz
Bolio.